Metagenómica viral en entornos extremos
Los virus son las entidades biológicas más abundantes en la biosfera y tienen la capacidad de infectar bacterias, arqueas y eucariotas. Se estima que el viroma es al menos diez veces más abundante que el microbioma con 107 virus por mililitro y 109 partículas virales por gramo en aguas marinas y sedimentos o suelos, respectivamente. Los virus representan una diversidad genética en gran parte inexplorada, y tienen un papel importante en la plasticidad genómica de sus huéspedes. Además, también juegan un papel importante en la dinámica de las poblaciones microbianas.
WGS vs WES
La secuenciación de próxima generación (NGS) es una herramienta invaluable en la investigación genética humana y el diagnóstico clínico. El uso práctico de los métodos NGS se ha incrementado drásticamente con el desarrollo de enfoques de secuenciación dirigida, como la secuenciación del exoma completo (WES) o la secuenciación dirigida de paneles de genes. WES surgió como una alternativa eficiente a la secuenciación del genoma completo (WGS) debido al menor costo de secuenciación y a la simplificación del análisis de variantes y el almacenamiento de datos.
Diversidad de virus gigantes e interacciones del anfitrión a través de la metagenómica global
Nuestro conocimiento actual sobre los grandes virus nucleocitoplasmáticos de ADN (NCLDV) se deriva en gran medida de aislamientos virales que se cultivan conjuntamente con protistas y algas. Schulz et al., reconstruyeron 2,074 genomas de NCLDV de sitios de muestreo en todo el mundo basándose en la cantidad cada vez mayor de datos de metagenomas disponibles públicamente.
Bioinformática y proteómica
La bioinformática es un componente esencial de la proteómica; por lo tanto, sus implicaciones han ido aumentando progresivamente con la llegada de métodos de alto rendimiento que dependen de un análisis de datos potente. Este campo nuevo y emergente presenta algoritmos novedosos para gestionar datos proteómicos enormes y heterogéneos y avanzar hacia el procedimiento de descubrimiento.
Cinco razones para amar la línea de comandos
La interfaz de texto puede ser intimidante, pero puede salvar en el manejo de tareas informáticas. ¡Sólo asegúrate de saber lo que estás haciendo! Aquí compartimos cinco formas en que la línea de comandos puede facilitar la investigación.
¿Cómo se realiza el análisis de datos de RNA-Seq?
Los experimentos de RNA-Seq generan un gran volumen de lecturas de secuencias sin procesar, que deben analizarse para interpretar la información. El análisis de datos generalmente requiere una combinación de herramientas de softwares bioinformáticos que varían según el diseño experimental y los objetivos.
Libros introductorios a la ciencia de datos
Si quieres conocer más sobre la ciencia de datos, ¿por qué no leer un libro que te muestre las bases? A continuación te compartimos cinco libros para todos aquellos que quieren aprender más sobre la ciencia de datos. 1. “The Data Science Handbook: Advice and Insights from 25 Amazing Data Scientists” “The Data Science Handbook” entrevista a los principales científicos de datos para ofrecer una visión única de la industria. Este libro no tiene una perspectiva técnica, sino que ofrece consejos de vida en los datos, errores de aprendizaje, consejos de desarrollo de carrera y estrategias para tener éxito en el mundo de la ciencia de datos. 2. “Doing Data Science: Straight Talk from the Frontline” “Doing Data Science” muestra la ciencia de datos de manera introductoria para cualquiera que quiera saber más del tema. El libro cubre algoritmos, métodos, modelos y visualización de datos, sirviendo como un recurso técnico…
Xenobots: la nueva era de la inteligencia artificial
Un grupo de científicos de la Universidad de Tufts y Vermont en Estados Unidos han creado “xenobots”, que son pequeños robots diseñados a partir de células madre de rana y pueden moverse hacia un objetivo, levantar una carga y curarse a sí mismos después de ser cortados. Los Xenobots fueron diseñados mediante algoritmos en una supercomputadora en la Universidad de Vermont, y luego ensamblados y probados por biólogos en la Universidad de Tufts. Estos organismos acuáticos viven hasta siete días, y se espera que en el futuro puedan ser utilizados para administrar drogas en el torrente sanguíneo de las personas, limpiar microplásticos del océano o gestionar derrames de desechos radiactivos. “Las computadoras modelan la dinámica de los bloques de construcción biológicos y los usan como ladrillos LEGO para construir diferentes anatomías de organismos”, dijo el equipo de científicos. “Un algoritmo evolutivo comienza con una población de diseños ensamblados aleatoriamente, luego…
¿Qué es la bioinformática?
Tanto que hablamos de bioinformática, análisis de datos, llamado de variantes, pipelines, etc, pero ¿qué tan seguro estás de que sabes bien qué es la bioinformática? Sabemos que los grandes avances en la ciencia y, el uso de herramientas como NGS (Next generation sequencing) y micro arreglos para la generación de datos biológicos (Genoma, Transcriptoma, Proteoma y Metaboloma), ha creado la necesidad de procesar, analizar e interpretar gran cantidad de datos correctamente. La bioinformática es una ciencia interdisciplinaria que utiliza la ciencia de datos para resolver problemas biológicos a gran escala desde un punto de vista computacional. El término “bioinformática” fue generado por Paulien Hogeweg y Ben Hesper para describir “el estudio de procesos informáticos en sistemas bióticos”. El análisis de estos datos o Big Data, facilita su uso en diferentes áreas de las ciencias biológicas, desde medicina preventiva y descubrimiento de fármacos, hasta la reclasificación de especies o descubrimiento de…