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Cinco razones para amar la línea de comandos

La interfaz de texto puede ser intimidante, pero puede salvar en el manejo de tareas informáticas. ¡Sólo asegúrate de saber lo que estás haciendo! Aquí compartimos cinco formas en que la línea de comandos puede facilitar la investigación.

1) “Wrangle”

Quizás la característica más poderosa del shell es la capacidad de repetir tareas simples en varios archivos, como cambiar sistemáticamente el nombre de los archivos

2) Manejo de big data

Algunos conjuntos de datos son simplemente demasiado grandes para manejarlos.

3) Manipulación de “spreadsheets”

Los comandos de Shell realizan operaciones aparentemente simples. El comando “cut”, extrae una o más columnas de una hoja de cálculo; “Awk” filtra archivos por líneas que coinciden con una determinada condición; y “sed” manipula los “flujos” de texto. Estos comandos simples se pueden unir usando “pipe” (“|”), que canaliza la salida de un comando a otro, creando así poderosos flujos de trabajo personalizados.

4) Paralelización de trabajos

El procesamiento de trabajos puede durar desde minutos/horas hasta semanas/meses. Para agilizar esto, se puede enviar el trabajo a un grupo de computadoras usando el comando “ssh“, que abre un portal encriptado al sistema remoto, y así paralelizar los cálculos en 60 computadoras.

5) Automatización

Los comandos de shell se pueden almacenar scripts, que se pueden guardar, compartir y controlar la versión, mejorando la reproducibilidad. También pueden automatizarse con el comando “cron” y programar secuencias de comandos para que se ejecuten cuando sea conveniente.

Referencias:

https://www.nature.com/articles/d41586-021-00263-0…