Microbioma 16S
El análisis de datos de microbioma 16S permite identificar las poblaciones bacterianas y su papel en áreas como la ecología o medicina.
La secuenciación del ARNr 16S es una metodología clave para que recientemente ha pasado de ser utilizada principalmente en investigación a tener una mayor utilidad en entornos clínicos.
curso de microbioma 16s
Nuestro curso de Microbioma 16S es impartido por expertos en la industria y academia que te guiarán a través de ejemplos prácticos y proyectos.
Aprenderás a realizar el análisis de datos utilizando dos estrategias: QIIME2 y DADA2. Aplicarás estas habilidades para analizar datos de microbioma 16S y visualizarlos realizando diferentes tipos de gráficos.
En este curso teórico-práctico aprenderás:
MÓDULO 1 - PROGRAMACIÓN EN LINUX Y BIOINFORMÁTICA
En esta sección aprenderás los conceptos básicos de la programación en Linux y cómo se utilizan en Bioinformática.
MÓDULO 2 - PROCESAMIENTO DE DATOS
En esta sección conocerás los principios de secuenciación masiva. Además, realizarás el control de calidad de datos, eliminación de lecturas de baja calidad mediante línea de comandos.
Módulo 3 - Análisis de datos con qiime2
En esta sección te enseñaremos a procesar datos de Microbioma 16S con QIIME2 mediante línea de comandos. Realizarás el denoising y clustering, eliminación de quimeras, análisis de diversidad alfa y beta, clasificación taxonómica en OTUS, rarefacción, índices Shanon, Simpson, etc.
Módulo 4 - Programación en R
En esta sección, aprenderás los conceptos básicos de la programación en R y cómo se utilizan en Bioinformática. Aprenderás a instalar R y RStudio en tu computadora.
Módulo 5 - Análisis de datos con DADA2
En esta sección te enseñaremos a procesar datos de Microbioma 16S con DADA2 en R. Crearás un objeto phylose y realizarás el denoising y clustering, eliminación de quimeras, análisis de diversidad alfa y beta, clasificación taxonómica en OTUS, índices Shanon, Simpson, etc.
Nivel
Principiante
Requisitos
Ninguno
Fecha de inicio
Inmediato
Duración
20 horas, horario libre
Cada una de las clases consta de un vídeo en el que el profesor explica el contenido del tema asignado. El alumno tiene acceso a estos vídeos a través de la plataforma, donde también dispone de los materiales adicionales.
El horario para visualizar cada uno de los vídeos de las sesiones es completamente libre, de modo que el alumno puede organizar su propio estudio. Las dudas se resuelven a través de correo y foros en la plataforma.
El aprovechamiento de las clases y la participación online se evalúan mediante el control de acceso de la plataforma de cada alumno, el tiempo utilizado y su participación en los foros y actividades.
La evaluación se hará a través de preguntas tipo test que el alumno irá completando a medida que avance el curso. Para obtener el certificado será necesario aprobar cada examen con una calificación mínima de 7 que el alumno encontrará a lo largo del curso.
Generalidades del microbioma
Microorganismos y taxonomía
- Orígenes del estudio (historia de microbiología)
- Efectos dañinos de la presencia de microorganismos (patógenos VS buenos)
- Importancia de los microorganismos en la biósfera (ciclos biogeoquímicos, etc)
- Taxonomía
Microbiota, dieta y salud
- Microbioma
- Efecto de microbioma en la salud
- Casos de estudio
Genes 16S ribosomales – relojes moleculares y marcadores taxonómicos
- Ribosomas
- Estructura del gen 16S
- Filogenia con 16S
- Bases de datos: Green Genes, Silva
- Bases de datos ITS: Unite
Metagenómica y su impacto
- Historia de la Metagenómica
- Impacto de la Metagenómica
- Limitantes de análisis de diversidad
Secuenciación Illumina y NGS
- Tecnología de secuenciación masiva
- Fundamentos de la tecnología de Illumina
- Estructura de proyectos NGS
PARTE PRÁCTICA
Introducción a Linux
- Comandos básicos
- Máquina virtual
Introducción a R
- Objetos
- Vectores
- Dataframes
- Importar Datos
- Librerías
Control de Calidad
- Pre-procesamiento de lecturas
- Filtros de calidad
QIIME2
- Determinación de microbioma
- Características de Qiime
- Metadatos
- Quimeras
- Clustering
DADA2
- Características de dada2
- Control de Calidad
- Metadatos
- Quimeras
- Clustering
Análisis de diversidad
- Bases de datos de 16S
- Clasificación taxonómica en OTUS
- Diversidad alfa
- Índices Shanon, Simpson, etc
- Rarefacción
- Gráfica de barras apiladas
- Diversidad beta
- PCA
- Investigadores
- Alumnos de Biología, Medicina, Farmacia, Bioquímica, Biotecnología, Veterinaria, Enfermería, Técnicos de laboratorio y áreas afines.
- Público en general que quiera conocer principios básicos bioinformática y NGS.
Los estudiantes que aprueben los examenes, obtendrán un Certificado Digital expedido por Winter Genomics.
FAQ
¿Cuál es la fecha de inicio del curso?
La fecha de inicio es inmediato. Una vez que hayas concluido tu inscripción te enviaremos tus datos de acceso para comenzar a aprender.
¿Cuáles son los requisitos computacionales?
Nosotros recomendamos que tu computadora cumpla las siguientes características:
- Memoria mínima RAM: 8GB
- Almacenamiento mínimo disponible: 50 GB en disco duro
- Sistemas operativos recomendados:
-Windows 10 u 11
-Mac Mojave o recientes
-Ubuntu 18 o 22
En caso de que no sea así, ¡escríbenos con las características de tu computadora y nosotros te asesoramos!
¿Cómo realizo el pago al curso?
¿Qué pasa después de que me inscribo?
Después de inscribirte deberás enviarnos tu comprobante de pago a cursos@wintergenomics.com. Posteriormente te haremos llegar tus datos de acceso al curso.
¿Cuánto tiempo tendré acceso al curso?
Tendrás acceso al curso durante 6 semanas en la plataforma para acceder en el horario que más tú quieras.
¿Qué pasa si tengo dudas durante el programa?
Las dudas se resuelven a través de tutorías y mediante correo electrónico. Nuestra intención es que tengas todo el apoyo para que puedas hacer este curso de manera exitosa.
No vivo en México, ¿puedo tomar este curso?
¡Claro que sí! Nuestros cursos online los podrás hacer desde cualquier lugar del mundo, solo necesitas hablar español y ¡listo!
¿Cómo puedo realizar el pago si vivo en el extranjero?
Si vives en el extranjero nosotros te haremos llegar el link de pago mediante de PayPal. La plataforma se encargará de realizar la conversión de tu moneda local a pesos mexicanos de acuerdo al tipo del cambio del día. No es necesario que tengas una cuenta en PayPal.