- hola@wintergenomics.com
Masterclass en Bioinformática - Llamado de variantes bacterianas
En este curso realizarás el análisis de datos de secuenciación genómica, desde la línea de comandos en Linux hasta la interpretación de variantes. Aprenderás a evaluar la calidad de los datos, realizar recorte y alineamiento al genoma de referencia, marcar duplicados, llamar y anotar variantes, y finalmente interpretar sus posibles implicancias biológicas o clínicas, utilizando herramientas y flujos de trabajo ampliamente aceptados en bioinformática.
¿Qué beneficios obtendrás al unirte a nuestra Masterclass?
Aumentarás tus habilidades en el análisis de datos. Serás capaz de analizar y graficar diferentes tipos de datos biológicos.
¡Inscríbete ahora y comienza a transformar tu carrera hoy mismo!
Cuáles son los requisitos para tomar el curso?
✍️ Una computadora con internet estable
✍️ Muchas ganas de aprender!!
Qué incluye?
😎 Scripts y set de datos
😎 90 días de acceso a la grabación. Puedes verlo más de 1 vez, sin embargo, no se descarga.
😎 Certificado
Temario
1. Comandos de Linux
Objetivo: Familiarizarse con el entorno de línea de comandos, necesario para el análisis bioinformático.- Navegación de archivos y directorios
- Manipulación de archivos
2. Control de calidad de datos de secuenciación
Objetivo: Evaluar la calidad de los archivos de secuenciación (FASTQ) antes del análisis.- Introducción a los formatos FASTQ y sus componentes (secuencia, calidad)
- Uso de FastQC para generación de reportes de calidad
- Identificación de artefactos: adaptadores, sesgos de base, calidad en extremos
- Herramientas para visualización y consolidación de resultados: MultiQC
3. Recorte y filtrado de secuencias
Objetivo: Eliminar adaptadores, secuencias de baja calidad y otras impurezas.- Herramientas comunes: Trimmomatic, Cutadapt, fastp
- Parámetros importantes: calidad mínima, longitud mínima, recorte en extremos
- Evaluación post-recorte con FastQC
4. Mapeo al genoma de referencia
Objetivo: Alinear lecturas a un genoma conocido para su análisis posterior.- Herramientas de alineamiento
- Índices de referencia
- Generación de archivos SAM/BAM
- Métricas de mapeo (porcentaje de alineación, profundidad)
5. Marcaje de duplicados
Objetivo: Identificar y etiquetar lecturas duplicadas producto de la PCR.- Introducción al concepto de duplicados en NGS
- Diferencia entre duplicados técnicos y biológicos
- Efectos del no marcaje en análisis de variantes
6. Llamado de variantes
Objetivo: Detectar variantes genómicas a partir de los alineamientos.- Buenas prácticas para el llamado de variantes
- Generación y filtrado de archivos VCF
- Control de calidad del llamado de variantes
7. Anotación de variantes
Objetivo: Añadir información funcional a las variantes detectadas.- Tipos de anotaciones: genes afectados, impacto funcional
8. Interpretación
Objetivo: Entender el significado biológico y clínico de las variantes.- Priorizar variantes por patogenicidad y frecuencia
- Uso de bases de datos
- Reporte de variantes
Nivel
Principiante
Requisitos
Ninguno
Modalidad
En línea
Duración
18 horas
Inversión Estudiantes: $935mxn
Inversión Promocional: $990mxn*
Inversión: $1,100mxn
*Promoción válida del 18 de junio al 1ro de julio.
FAQ
¿Cuál es la fecha y horario del curso?
Fecha: 22, 23, 24, 29, 30 y 31 de julio
Horario de las sesiones:
9:00-12:00 hrs Hora CDMX.
¿Cuáles son los requisitos computacionales?
Nosotros recomendamos que tu computadora cumpla las siguientes características:
- Tener instalada las versiones más recientes de R y RStudio.
- 4GB en RAM (de preferencia 8GB).
- Espacio de 50-100 GB en disco duro.
- Cualquier Sistema Operativo
- Si cuenta con SO Windows, tener permisos de administrador para cambiar parámetros de configuración.
- Antigüedad menor a 5 años
- Conexión estable a internet.
IMPORTANTE: Para el curso de Microbioma 16S, evitar utilizar la red WiFi de Universidades o Institutos ya que limitan la conexión a servidores.
En caso de que no sea así, ¡escríbenos con las características de tu computadora y nosotros te asesoramos!
¿Cómo realizo el pago al curso?
¿Qué pasa después de que me inscribo?
Después de inscribirte deberás enviarnos tu comprobante de pago a cursos@wintergenomics.com. Posteriormente te haremos llegar tus datos de acceso al curso.
¿Cuánto tiempo tendré acceso a la grabación?
Tendrás acceso a la grabación de cada curso por 90 días. La puede ver las veces que quieras, pero no se descarga.
¿Qué pasa si tengo dudas durante el programa?
Las dudas se resuelven a través de tutorías y mediante correo electrónico. Nuestra intención es que tengas todo el apoyo para que puedas hacer este curso de manera exitosa.
No vivo en México, ¿puedo tomar este curso?
¡Claro que sí! Nuestros cursos online los podrás hacer desde cualquier lugar del mundo, solo necesitas hablar español y ¡listo!
¿Cómo puedo realizar el pago si vivo en el extranjero?
Si vives en el extranjero nosotros te haremos llegar el link de pago mediante de PayPal. La plataforma se encargará de realizar la conversión de tu moneda local a pesos mexicanos de acuerdo al tipo del cambio del día. No es necesario que tengas una cuenta en PayPal.