Expresión diferencial con RNA-Seq
El análisis de expresión diferencial con RNA-seq facilita el estudio de perfiles de expresión génica y la identificación de genes para el estudio de procesos biológicos, que es útil en diversas aplicaciones:
- Determinar los niveles de expresión de RNA
- Conocer la expresión diferencial de genes
- Detección de variantes y la expresión específica de alelos
- Caracterización de patrones de splicing alternativos
- Ensamblado de novo
- Creación de perfiles de expresión y redes génicas
CURSO DE EXPRESIÓN DIFERENCIAL CON RNA-SEQ
Nuestro curso de expresión diferencial con datos de RNA-seq es impartido por expertos en la comunidad científica que te guiarán paso a paso a través de ejemplos prácticos y proyectos para el análisis de datos de RNA-seq.
Aprenderás a programar en Linux y a escribir código eficiente en R. Aprenderás el pipeline para análisis de datos de RNA-seq y utilizarás estas habilidades para analizar datos, anotarlos y visualizarlos realizando diferentes tipos de gráficos.
En este curso teórico-práctico aprenderás:
Módulo 1 - Programación en Linux y Bioinformática
En esta sección aprenderás los conceptos básicos de la programación en Linux y cómo se utilizan en Bioinformática.
Módulo 2 - procesamiento de datos
En esta sección conocerás los principios de secuenciación masiva y el diseño de proyectos RNA-Seq. Además, realizarás el control de calidad de datos de RNA-seq, eliminación de lecturas de baja calidad, mapeo y cuantificación de genes mediante línea de comandos.
Módulo 3 - Programación en R
En esta sección aprenderás los conceptos básicos de la programación en R y cómo se utilizan en Bioinformática. Aprenderás a instalar R y RStudio en tu computadora.
Módulo 4 - Expresión diferencial y anotación
Conocerás los conceptos de expresión diferencial, normalización de datos y anotación para posteriormente realizar la Expresión diferencial utilizando DESeq2 y la anotación funcional.
Módulo 5 - VISUALIZACIÓN e interpretación de datos
Finalmente crearás gráficos de alta calidad como heatmaps, volcano plots, MA plots, etc comúnmente utilizados para la visualización de datos de RNA-seq.
Nivel
Principiante
Requisitos
Ninguno
Fecha de inicio
Inmediato
Duración
20 horas, horario libre
Cada una de las clases consta de un vídeo en el que el profesor explica el contenido del tema asignado. El alumno tiene acceso a estos vídeos a través de la plataforma, donde también dispone de los materiales adicionales.
El horario para visualizar cada uno de los vídeos de las sesiones es completamente libre, de modo que el alumno puede organizar su propio estudio. Las dudas se resuelven a través de correo y foros en la plataforma.
El aprovechamiento de las clases y la participación online se evalúan mediante el control de acceso de la plataforma de cada alumno, el tiempo utilizado y su participación en los foros y actividades.
La evaluación se hará a través de preguntas tipo test que el alumno irá completando a medida que avance el curso. Para obtener el certificado será necesario aprobar cada examen con una calificación mínima de 7 que el alumno encontrará a lo largo del curso.
PROGRAMACIÓN EN LINUX
- Introducción a Sistemas Operativos
- Lenguajes de programación
- Comandos básicos de Linux
PROGRAMACIÓN EN R
- Principios de R
- Características de R y RStudio
- Objetos
- Vectores
- Dataframes
- Instalación de paqueterías
PRINCIPIOS DE NGS
- Introducción a NGS
- Tecnologías de secuenciación
- Ventajas y desventajas de la secuenciación
RNA-SEQ
- Introducción al diseño experimental de RNA-seq
- Análisis de calidad
- Preprocesamiento de datos RNA-Seq
- Mapeo de lecturas cortas
- Cuantificación de niveles de expresión
- Expresión diferencial con DESeq
- Anotación funcional
- Creación de gráficas
- Investigadores
- Alumnos de Biología, Medicina, Farmacia, Bioquímica, Biotecnología, Veterinaria, Enfermería, Técnicos de laboratorio y áreas afines.
- Público en general que quiera conocer principios básicos bioinformática y NGS.
Los estudiantes que aprueben los examenes, obtendrán un Certificado Digital expedido por Winter Genomics.
FAQ
¿Cuál es la fecha de inicio del curso?
La fecha de inicio es inmediato. Una vez que hayas concluido tu inscripción te enviaremos tus datos de acceso para comenzar a aprender.
¿Cuáles son los requisitos computacionales?
Nosotros recomendamos que tu computadora cumpla las siguientes características:
- Memoria mínima RAM: 8GB
- Almacenamiento mínimo disponible: 50 GB en disco duro
- Sistemas operativos recomendados:
-Windows 10 u 11
-Mac Mojave o recientes
-Ubuntu 18 o 22
En caso de que no sea así, ¡escríbenos con las características de tu computadora y nosotros te asesoramos!
¿Cómo realizo el pago al curso?
¿Qué pasa después de que me inscribo?
Después de inscribirte deberás enviarnos tu comprobante de pago a cursos@wintergenomics.com. Posteriormente te haremos llegar tus datos de acceso al curso.
¿Cuánto tiempo tendré acceso al curso?
Tendrás acceso al curso durante 6 semanas en la plataforma para acceder en el horario que más tú quieras.
¿Qué pasa si tengo dudas durante el programa?
Las dudas se resuelven a través de tutorías y mediante correo electrónico. Nuestra intención es que tengas todo el apoyo para que puedas hacer este curso de manera exitosa.
No vivo en México, ¿puedo tomar este curso?
¡Claro que sí! Nuestros cursos online los podrás hacer desde cualquier lugar del mundo, solo necesitas hablar español y ¡listo!
¿Cómo puedo realizar el pago si vivo en el extranjero?
Si vives en el extranjero nosotros te haremos llegar el link de pago mediante de PayPal. La plataforma se encargará de realizar la conversión de tu moneda local a pesos mexicanos de acuerdo al tipo del cambio del día. No es necesario que tengas una cuenta en PayPal.