Ensamblado y anotación de genomas bacterianos
El ensamblado y anotación de genomas bacterianos permite caracterizar microorganismos y su identificación estructural de genes, regiones codificantes y motifs y la funcionalidad de estas regiones.
La caracterización de microorganismos se realiza a través de la identificación de factores de virulencia, análisis comparativos y filogenéticos con otros microorganismos, estudio de redes metabólicas, entre otros.
En este curso teórico-práctico aprenderás:
- Programación en Linux
- Fundamentos NGS
- Manejo de FASTQ
- Análisis de control de calidad y filtrado (Trimming y QC)
- Ensamble de datos utilizando k-mer, Abyss, Spades
- Calidad del Ensamblado de genomas
- Ordenado de contigs
- Anotación de genomas con Prokka y RAST
Nivel
Principiante
Requisitos
Ninguno
Fecha de inicio
Inmediato
Duración
20 horas, horario libre
Inversión: $1,800mxn
Promoción: $1,530mxn*
Inicio inmediato
*Promoción válida 29 de mayo al 7 de junio 2023.
Cada una de las clases consta de un vídeo en el que el profesor explica el contenido del tema asignado. El alumno tiene acceso a estos vídeos a través de la plataforma, donde también dispone de los materiales adicionales.
El horario para visualizar cada uno de los vídeos de las sesiones es completamente libre, de modo que el alumno puede organizar su propio estudio. Las dudas se resuelven a través de correo y foros en la plataforma.
El aprovechamiento de las clases y la participación online se evalúan mediante el control de acceso de la plataforma de cada alumno, el tiempo utilizado y su participación en los foros y actividades.
La evaluación se hará a través de preguntas tipo test que el alumno irá completando a medida que avance el curso. Para obtener el certificado será necesario aprobar cada examen con una calificación mínima de 7 que el alumno encontrará a lo largo del curso.
INTRODUCCIÓN A LINUX Y NGS
- Principios de Linux
- Sistemas Operativos tipo UNIX
- Tecnologías NGS
- Archivo FASTQ
- Control de calidad y filtrado
- Parámetros de evaluación
- Recorte y filtrado
GENÓMICA COMPARATIVA
- Visualización
- Rearreglo genómico
ENSAMBLADO Y ANOTACIÓN
- Ensamble
- Determinación parámetro k
- Ensamble de datos Illumina
- Evaluación del ensamble
- Métricas
- Reordenamiento
- Anotación
SOFTWARES A USAR
- FASTQC
- Trimmomatic
- Abyss
- KmerGenie
- SPADES
- QUAST
- MAUVE
- Prokka
- RAST
- Investigadores
- Alumnos de Biología, Medicina, Farmacia, Bioquímica, Biotecnología, Veterinaria, Enfermería, Técnicos de laboratorio y áreas afines.
- Público en general que quiera conocer principios básicos bioinformática y NGS.
Los estudiantes que aprueben los examenes, obtendrán un Certificado Digital expedido por Winter Genomics.
FAQ
¿Cuál es la fecha de inicio del curso?
La fecha de inicio es inmediato. Una vez que hayas concluido tu inscripción te enviaremos tus datos de acceso para comenzar a aprender.
¿Cuáles son los requisitos computacionales?
Nosotros recomendamos que tu computadora cumpla las siguientes características:
- Memoria mínima RAM: 8GB
- Almacenamiento mínimo disponible: 50 GB en disco duro
- Sistemas operativos recomendados:
-Windows 10 u 11
-Mac Mojave o recientes
-Ubuntu 18 o 22
En caso de que no sea así, ¡escríbenos con las características de tu computadora y nosotros te asesoramos!
¿Cómo realizo el pago al curso?
¿Qué pasa después de que me inscribo?
Después de inscribirte deberás enviarnos tu comprobante de pago a cursos@wintergenomics.com. Posteriormente te haremos llegar tus datos de acceso al curso.
¿Cuánto tiempo tendré acceso al curso?
Tendrás acceso al curso durante 6 semanas en la plataforma para acceder en el horario que más tú quieras.
¿Qué pasa si tengo dudas durante el programa?
Las dudas se resuelven a través de tutorías y mediante correo electrónico. Nuestra intención es que tengas todo el apoyo para que puedas hacer este curso de manera exitosa.
No vivo en México, ¿puedo tomar este curso?
¡Claro que sí! Nuestros cursos online los podrás hacer desde cualquier lugar del mundo, solo necesitas hablar español y ¡listo!
¿Cómo puedo realizar el pago si vivo en el extranjero?
Si vives en el extranjero nosotros te haremos llegar el link de pago mediante de PayPal. La plataforma se encargará de realizar la conversión de tu moneda local a pesos mexicanos de acuerdo al tipo del cambio del día. No es necesario que tengas una cuenta en PayPal.