Diversidad de los virus gigantes e interacciones con el hospedero a través de la metagenómica global
Nuestro conocimiento actual sobre los grandes virus nucleocitoplasmáticos de ADN (NCLDV) se deriva en gran medida de aislamientos virales que se cultivan conjuntamente con protistas y algas. Schulz et al., reconstruyeron 2,074 genomas de NCLDV de sitios de muestreo en todo el mundo basándose en la cantidad cada vez mayor de datos de metagenomas disponibles públicamente.
Los virus grandes y gigantes del supergrupo NCLDV tienen genomas complejos con tamaños de hasta varias megabases y viriones que son de tamaño similar o incluso más grandes que los organismos celulares pequeños. Estos virus infectan una amplia gama de eucariotas, desde protistas hasta animales. Los estudios de genes marcadores han demostrado que los NCLDV no solo son extremadamente abundantes y diversos en los océanos, sino que también se pueden encontrar con frecuencia en el agua dulce y el suelo. Sin embargo, el descubrimiento de virus grandes y gigantes se ha debido principalmente a su cultivo conjunto con amebas o al aislamiento junto con sus huéspedes nativos.
Recientemente, los estudios metagenómicos y genómicos unicelulares han facilitado el descubrimiento de varios miembros nuevos del NCLDV y han demostrado que los métodos independientes del cultivo son aplicables a estos virus al igual que a las bacterias y arqueas no cultivadas.
Los genomas virales descubiertos codificaban una amplia gama de proteínas con funciones putativas en la fotosíntesis y diversos procesos de transporte de sustratos, lo que indica que la reprogramación del huésped es probablemente una estrategia común en los NCLDV.
Esto condujo a un aumento de 11 veces en la diversidad filogenética y una expansión paralela de 10 veces en la diversidad funcional. El análisis de 58.023 proteínas principales de la cápside de virus grandes y gigantes utilizando datos metagenómicos reveló los patrones de distribución global y la naturaleza cosmopolita de estos virus.
Además, las inferencias de la transferencia horizontal de genes conectaron los linajes virales con diversos huéspedes eucariotas. La diversidad global de NCLDV descrita en este artículo establecerá a los virus gigantes, que están asociados con la mayoría de los principales linajes eucariotas, como principales en los ecosistemas de los biomas de la Tierra.
Referencias:
Schulz, F., Roux, S., Paez-Espino, D. et al. Giant virus diversity and host interactions through global metagenomics. Nature578, 432–436 (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-1957-x
