Big data vs data science
BIG DATA Día a día, la cantidad de información generada en todo el mundo crece de manera exponencial generando el concepto de Big Data. El análisis del Big Data no se puede realizar utilizando los métodos tradicionales de análisis de datos, ya que se requieren técnicas, herramientas y sistemas de modelado de datos especializados para extraer conocimientos e información de interés. El Big Data abarca todo tipo de datos independientemente de su tipo o formato. Estos datos pueden ser: No estructurados: redes sociales, correos electrónicos, blogs, tweets, imágenes digitales, fuentes digitales de audio / video, etc. Semi-estructurados: archivos XML, archivos de registro del sistema, archivos de texto, etc. Estructurados: RDBMS (bases de datos), OLTP y otros formatos de datos estructurados. DATA SCIENCE Por otro lado, la ciencia de datos, o data science, es un área que utiliza, combina y aplica diferentes métodos, algoritmos y técnicas de programación para realizar análisis…
Más allá de nuestro planeta: secuenciación en el espacio
¿Te imaginas realizar un experimento en el espacio? Bueno, pues en el 2016, la National Aeronautics and Space Administration (NASA) echó a andar una misión sin precedentes denominada “Biomolecule Sequencer” (secuenciador de biomoléculas) cuyo objetivo era establecer que la secuenciación de DNA podría llevarse a cabo en el espacio de manera exitosa. Aún en la Tierra un grupo de científicos prepararon muestras de DNA de diferentes organismos, entre ellos ratones, virus y bacterias, las muestras se enviaron a la International Space Station (ISS) en donde la Dra. Kate Rubins, una brillante Bióloga y Astronauta se encargaría de realizar los experimentos para su secuenciación. El secuenciador MinION Oxford Nanopore parecía el candidato por excelencia, ya que es un equipo portátil del tamaño de un dispositivo celular que integra varias funciones propias de un laboratorio en un único arreglo. La Dra. Rubins realizó los experimentos de secuenciación de DNA en la Estación…
Toma de Decisiones Dinamicas y Complejas – Violeta Monzón
Violeta realiza su doctorado en Toma de Decisiones Dinámicas y Complejas. Su objetivo es investigar cómo distintos tipos de información social influyen en la efectividad en la toma de decisiones en ambientes dinámicos y complejos. Su enfoque es de análisis experimental dentro del ámbito de la psicología. Para ello, utiliza un juego de estrategia en tiempo real para simular cómo la gente toma decisiones en condiciones de incertidumbre. RESULTADOS Sus resultados preliminares sugieren que, en ambientes de incertidumbre, las personas actualizan su percepción sobre su propia eficacia cuando se les presenta información sobre otras personas. Esto significa que la gente supera sus expectativas sobre su propia autoeficacia cuando reciben información de un bajo estándar de comparación (por ejemplo: alguien cuyo desempeño ha sido bajo). Esta información tiene serias implicaciones en el ámbito de la psicología cognitiva, ya que sugiere que la gente puede ser influenciada en su toma de decisiones…
¿Qué es la bioinformática?
Tanto que hablamos de bioinformática, análisis de datos, llamado de variantes, pipelines, etc, pero ¿qué tan seguro estás de que sabes bien qué es la bioinformática? Sabemos que los grandes avances en la ciencia y, el uso de herramientas como NGS (Next generation sequencing) y micro arreglos para la generación de datos biológicos (Genoma, Transcriptoma, Proteoma y Metaboloma), ha creado la necesidad de procesar, analizar e interpretar gran cantidad de datos correctamente. La bioinformática es una ciencia interdisciplinaria que utiliza la ciencia de datos para resolver problemas biológicos a gran escala desde un punto de vista computacional. El término “bioinformática” fue generado por Paulien Hogeweg y Ben Hesper para describir “el estudio de procesos informáticos en sistemas bióticos”. El análisis de estos datos o Big Data, facilita su uso en diferentes áreas de las ciencias biológicas, desde medicina preventiva y descubrimiento de fármacos, hasta la reclasificación de especies o descubrimiento de…
Identificación de antimicrobianos y manejo molecular – Alemao Carpinteyro
Alemao trabaja en el descubrimiento y análisis de nuevos fármacos para el tratamiento de una ameba en la Universidad de Strathclyde, UK. DESCRIPCIÓN GENERAL Acanthamoeba castellanii es una ameba de vida libre encontrada principalmente en ambientes acuáticos y suelo capaz de producir graves infecciones: Queratitis por Acanthamoeba: es una infección en la córnea donde los usuarios de lentes de contacto son los más vulnerables. Encefalitis Granulomatosa Amebiana: es una infección crónica en el cerebro que conduce a la muerte producida cuando la ameba se introduce en el hospedero por medio de una herida o por la nariz al momento de respirar agua contaminada. Alemao trabaja en el descubrimiento y análisis de nuevos fármacos Minor Groove Binders (llamados así ya que se unen a la curvatura menor del ADN) contra a la ameba, ya que el cuadro actual de fármacos es bastante agresivo y tóxico, produciendo efectos secundarios y dejando secuelas…
La variedad de la bioinformática – Violeta Larios
Violeta obtuvo el premio al mejor desempeño académico de Doctorado 2013. Durante su doctorado, Violeta diseñó y optimizó métodos de análisis para datos de interés biotecnológico. Posee experiencia en el diseño y validación de microarreglos para el diagnóstico de patógenos mediante huellas genómicas. Además, ha participado en una gran cantidad de congresos y ponencias nacionales e internacionales y ha sido docente en el IPN por más de 5 años y cuenta con publicaciones nacionales e internacionales así como direcciones de tesis. Violeta ha sido consultora bioinformática en Winter Genomics desde el 2014, donde ha desarrollado manuales internos de R. Posee gran experiencia en: Diseño e implementación de pipelines. Capacitación en diversos temas de bioinformática: programación en perl y R, temas básicos, intermedios y avanzados en procesamiento de datos de secuenciación y microarreglos. Análisis de datos biológicos provenientes de tecnologías de generación masiva o microarreglos (expresión, CNVs, miRNAs) Ensamblado y anotación en bacterias…
Plasticidad Genómica en ratón: Análisis de eventos de deleción recurrente – Katia Áviña
Katia realiza su Postdoctorado en el Instituto de Neurobiología, Juriquilla, UNAM, en coordinación con el grupo de investigación del Dr. Alfredo Varela Echavarria. DESCRIPCIÓN GENERAL Actualmente, uno de los proyectos en los que Katia se encuentra trabajando es “Plasticidad Genómica en ratón: Análisis de eventos de deleción recurrente”. Katia analiza los sitios potenciales de deleción recurrente presentes en el genoma de ratón y genómica comparativa con otros organismos utilizando estrategias bioinformáticas y/o biología molecular para determinar su papel funcional. OBJETIVOS Su objetivo principal es generar muestras de DNA de diferentes tejidos de un mismo ratón como modelo para mostrar eventos de plasticidad genómica. El repertorio de genes reguladores del desarrollo es el resultado de eventos genómicos que ocurren en diversos grupos de animales y que incluyen duplicaciones y deleciones. SINGLE EXON GENES Katia realizó el análisis de la historia evolutiva de varios genes expresados diferencialmente en el teléncefalo en estadio…
Ecología microbiana de extremófilos – Sharon Ruiz
Sharon es estudiante de doctorado en la Universidad de Manchester en ecología microbiana de extremofilos. SU TRABAJO La producción de energía nuclear comienza con la extracción de uranio hasta disposición final. Dentro del ciclo, luego de que se ha usado el combustible, se envía a plantas nucleares. Primero se inspecciona y entonces se guarda temporalmente en envases especiales y se almacena en estanques con agua. Luego de cierto tiempo de almacenamiento el combustible se reprocesa o se envía a un almacenamiento geológico en el subsuelo. Sharon trabaja con la primera etapa de almacenamiento. El combustible (uranio o tecnecio, principalmente) no están en contacto directo con el agua, pero la radioactividad puede migrar. El agua que lo rodea cumple con la función de enfriar el combustible y disminuir la radioactividad presente. Para evitar la corrosión y la presencia de microorganismos, el agua con que se llenan los estanques es desmineralizada y…