AgroSeek: un sistema para el análisis computacional de datos metagenómicos ambientales y metadatos asociados
La metagenómica es una herramienta poderosa para identificar cómo las prácticas de manejo agrícola influyen en la salud humana y animal, especialmente en términos de potencial para contribuir a la propagación de la resistencia a los antibióticos. Sin embargo, la capacidad de comparar la distribución y la prevalencia de los genes de resistencia a los antibióticos (ARG) en múltiples estudios y entornos es actualmente imposible sin un nuevo análisis completo de los conjuntos de datos publicados. Este desafío debe abordarse para conocer el potencial de la metagenómica para el beneficio de los ecosistemas agrícolas, por ejemplo, identificando puntos de control críticos para mitigar la propagación de la resistencia a los antibióticos.
AgroSeek es un sistema web centralizado que proporciona herramientas computacionales para el análisis y la comparación de conjuntos de datos metagenómicos diseñados específicamente para investigadores y otros usuarios del sector agrícola interesados en rastrear y mitigar la propagación de ARG. AgroSeek se basa en datos metagenómicos y metadatos proporcionados por el usuario para facilitar el análisis, la comparación y la predicción de una manera fácil de usar. Además, AgroSeek se basa en conjuntos de datos aportados públicamente para proporcionar un punto de comparación y contexto para el análisis de datos.
AgroSeek realiza el análisis y la comparación de datos metagenómicos ambientales, basado tanto en anotaciones de genes como en metadatos asociados, y esta demostración inicial se centra en el control de la resistencia a los antibióticos en los ecosistemas agrícolas. Agroseek crea un espacio para el intercambio de datos metagenómicos y la colaboración para ayudar a los responsables políticos, las partes interesadas y el público en la toma de decisiones.
Referencias:
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-021-04035-5
https://agroseek.cs.vt.edu/
